Научно-исследовательский вычислительный центр (НИВЦ) МГУ задействуют вычислительные мощности для расчётов.
Суперкомпьютер «Ломосонов» поможет в поиске лекарства от коронавируса
МГУ

Специалисты лаборатории вычислительных систем и прикладных технологий программирования НИВЦ МГУ включились в работу по созданию лекарства от коронавируса. Для этого они задействовали суперкомпьютер «Ломоносов» под вычисления по технологиям молекулярного моделирования и докинга (метода моделирования молекул, предсказывающего наиболее выгодную для образования устойчивого комплекса ориентацию и конформацию одной молекулы в центре связывания другой и дающего оценку энергии связывания этих молекул друг с другом).

«Докинг, как и другие методы молекулярного моделирования, основан на описании взаимодействия белков-мишеней и низкомолекулярных молекул будущих лекарств, которые блокируют работу этих белков. Для многих болезней определены белки, которые отвечают за развитие патологий. Это могут быть вирусные белки, отвечающие за размножение вируса в организме или собственные белки человека, которые работают неправильно. И если мы заблокируем работу такого белка-мишени с помощью молекулы, которая избирательно свяжется с ним в его активном центре, то развитие болезни приостановится», — пояснил заведующий лабораторией вычислительных систем и прикладных технологий программирования НИВЦ МГУ Владимир Сулимов.

В настоящее время учёные уже проанализировали структуру вируса, нашли белки-мишени, на которые можно воздействовать лекарствами, а после того, как был выбран один конкретный белок, изучена его пространственная структура и комплексы с разными ингибиторами открытой базы Protein Data Bank, создали модель для докинга. Предварительный докинг молекул, закристаллизованных вместе с этим белком, позволил определить особенности активного центра этого белка и выбрать одну модель белка-мишени, которую и задействуют для следующего докинга большого количества соединений. Уже из них потом будут искать молекулы, наиболее сильно связывающихся с белком-мишенью.

Научную группу НИВЦ МГУ, результаты работы которой будут проверять экспериментально в лаборатории противовирусных и дезинфекционных средств Института вирусологии имени Д.И.Ивановского, вошли ведущий программист Алексей Сулимов, программист Данил Кутов, аспирантка кафедры медицинской физики физического факультета МГУ Анна Тащилова и аспирант факультета фундаментальной медицины МГУ Иван Ильин.