В Санкт-Петербурге диагностику у новорожденных муковисцидоза, фенилкетонурии и галактоземии — тяжелых наследственных заболеваний — будут проводить при помощи передовой технологии секвенирования генома. Это первый в России случай внедрения высокопроизводительных геномных исследований в рутинную медицинскую практику.

С февраля 2015 года Медико-генетический диагностический центр Санкт-Петербурга (СПб МГЦ) в своей повседневной практике начнет проводить генетическое тестирование новорожденных на тяжелые наследственные заболевания с применением технологии высокопроизводительного геномного анализа. Разработка и клинические испытания диагностического решения, которое будет использоваться в СПб МГЦ, были выполнены петербургской биотехнологической компанией Parseq Lab. На сегодняшний день это первый в России и один из первых в мире случаев, когда высокопроизводительное секвенирование генома начинает рутинно применяется в клинической практике.

«Мы надеемся, что внедрение метода высокопроизводительного анализа генома позволит во многих случаях сократить сроки постановки диагноза и выявлять редкие формы болезней, которые до настоящего времени крайне плохо дифференцируются», — говорит главный врач Медико-генетический диагностического центра Ольга Романенко.

Диагностическое решение, получившее название VariFind™ Neoscreen assay, имеет мировую новизну — анализируемая панель мутаций сегодня является самой широкой из всех, предназначенных для неонатального скрининга. Решение основано на технологии высокопроизводительного анализа генома (секвенирование следующего поколения, next-generation sequencing, NGS) и состоит из набора реагентов, протоколов и специализированного программного обеспечения.

Клинические испытания диагностического решения проходили в ведущих лабораториях Португалии и Великобритании. Верификация метода исследования, заключающаяся в сравнении с существующим «золотым стандартом» (для генетического тестирования это традиционное секвенирование методом Сэнгера), выполнялась в Швейцарии.

В России диагностическое решение планируется к использованию в качестве одного из этапов неонатального скрининга, который представляет собой совокупность обязательных медицинских мероприятий, направленных на выявление тяжелых наследственных заболеваний у новорожденных.

«С развитием программы неонатального скрининга стало понятно, что есть формы заболевания, при которых наблюдаются пограничные значения стандартных диагностических тестов. Мы годами наблюдаем таких детей, решаем есть у них муковисидоз или нет. В этих случаях нам очень помогает именно генетическая диагностика. Создание такой тест-системы, которая бы могла включать достаточное количество мутаций, в том числе редких (а они не входят сейчас в тесты, которые используются в России) позволяет довольно быстро сориентироваться и скорректировать тактику лечения», — отмечает главный научный сотрудник отдела муковисцидоза МГНЦ РАМН, д.м.н., профессор Елена Кондратьева.

В настоящий момент генетическая диагностика муковисцидоза, фенилкетонурии и галактоземии проводится опционально (при наличии технической и финансовой возможностей у лаборатории и регионального бюджета) или за счет средств пациента. Почти в трети всех случаев мутации, вызывающие тяжелые наследственные заболевания, остаются не выявленными, что обусловлено ограничениями классических методов и высоким генетическим разнообразием населения Российской Федерации.

Из 460 мутаций, выявляемых с помощью новой тест-системы, 320 ассоциированы с развитием муковисцидоза, являющегося к настоящему моменту, наиболее изученным наследственным заболеванием. По мере появления новых данных о генетических изменениях, связанных с развитием муковисцидоза, фенилкетонурии и галактоземии, список тестируемых с помощью VariFind™ Neoscreen assay мутаций можно быстро расширить. Эта особенность является существенным технологическим преимуществом диагностического решения, которое уже сегодня позволяет определять даже крайне редкие клинически значимые мутации.

«Наше решение способно выявлять широкий спектр генетических вариантов, обнаруживаемых в геноме каждого человека, а затем проводить их аннотирование, т. е. предлагать врачу-генетику дополнительную информацию о тех вариантах — мутациях, клиническая значимость которых установлена. В России наш опыт — это пока первый случай, когда данная технология перебралась из научных лабораторий в клинику. Мы ожидаем, что следующий год принесет большой объем практических результатов и мы узнаем, насколько ДНК-диагностика на основе высокопроизводительного секвенирования позволяет повысить эффективность существующего алгоритма скрининга новорожденных. Если будет показаны улучшение выявляемости наследственных заболеваний, сокращение сроков постановки диагноза и суммарный положительный экономико-социальный эффект, то можно будет ожидать массового внедрения таких технологий в медицинских учреждениях», — говорит руководитель Parseq Lab Александр Павлов.

Муковисцидоз является одним из наиболее распространенных тяжелых наследственных заболеваний, его развитие обусловлено мутациями в гене CFTR. В настоящее время методы диагностики муковисцидоза, применяемые в медицинской практике, представляют собой длительные и трудоемкие процедуры, нередко дающие сомнительные или даже ложные результаты. Это заболевание характеризуется нарушением секреции экзокринных желез жизненно важных органов с преимущественным поражением дыхательного и желудочно-кишечного трактов, тяжелым течением и неблагоприятным прогнозом. Для раннего начала лечения муковисцидоза, которое обеспечит более высокий терапевтический эффект и улучшит прогноз заболевания с возможностью продлить жизнь больного до 30−45 лет, необходима ранняя диагностика, которая должны быть проведена в первые недели после рождения.

С 2006 года в рамках национального приоритетного проекта «Здоровье» во всех субъектах РФ муковисцидоз был включен в перечень наследственных заболеваний, подлежащих обязательному неонатальному скринингу. Тем не менее, диагностика заболевания все еще остается не на должном уровне. По данным Российского центра муковисцидоза, в котором наблюдаются дети до 18 лет, возраст, в котором впервые был установлен диагноз муковисцидоз, в среднем по России составил 30,3 месяца, по Москве — 23,0 месяца, тогда как в странах Западной Европы и Северной Америки этот показатель равняется 11,0 месяцам. При развитии у большинства пациентов клинической картины заболевания уже на первом году жизни диагноз в этом возрасте устанавливался только у трети из них.

Одной из основных причин позднего выявления муковисцидоза является принятая в РФ схема скрининга. Протокол скрининга включает 4 этапа: определение биохимического маркера — иммунореактивного трипсиногена (ИРТ), ретест по ИРТ, потовый тест и ДНК-диагностику, — причем только первые три являются обязательными. Появление нового мультиэтнического диагностического решения, предназначенного для ДНК-диагностики муковисцидоза, позволит скорректировать схему скрининга с выведением ДНК-диагностики на второй этап тестирования или ее проведении параллельно с ИРТ тестом. Замена ретеста ИРТ на генетический анализ позволит снизить вероятность ложного диагностирования, увеличить скорость постановки диагноза и уменьшить общие затраты на проведение неонатального скрининга.