Методология GWAS позволит определить новые высокопатогенные штаммы SARS-CoV-2
Коронавирус продолжает мутировать. Ученые разрабатывают способы поиска новых особо опасных штаммов.
Используя методологию GWAS, исследователи Массачусетского технологического института и Гарвардской школы общественного здравоохранения имени Т. Х. Чана точно сопоставили мутацию SARS-CoV-2 — штамм P.1 (гамма вариант), которая вызывает большую трансмиссивность, с повышенным уровнем инфицирования и смертности.
Первые случаи инфицирования штаммом P.1 были обнаружены в Бразилии в январе 2021 года, и в течение нескольких недель он вызвал всплеск заболеваемости в городе Манаус. Исследователи считали, что у его жителей уже сформировался иммунитет после всплеска заболеваемости в мае 2020 года. Но в итоге P.1, который имеет несколько мутаций в спайковом белке, используемом вирусом для присоединения и проникновения в клетку-хозяина, вызвал вторую волну.
В сентябре 2020 года, за несколько месяцев до того, как был обнаружен первый пациент со штаммом P.1, команда исследователей перепрофилировала методологию GWAS, которая широко используется для выявления связи определенных генетических вариаций с конкретными заболеваниями. Ученые планировали использовать технологию, чтобы определить относительную патогенность различных мутаций SARS-CoV-2. Команда искала связи между каждой мутацией одноцепочечной РНК вируса SARS-CoV-2 и смертностью у 7548 пациентов с COVID-19.
Исследователи обнаружили одну мутацию в геноме вируса, которая изменяет спайковый белок и за счет этого увеличивает количество смертей пациентов с COVID-19. Позже эту мутацию определили как штамм P.1.
«Мы ожидаем, что этот подход будет эффективен и для других заболеваний, но только при условии, что качество данных, собранных в общедоступных базах, будет достаточно высоким», — рассказал соавтор статьи Георг Хан.