Биологи научились извлекать из РНК в 10 раз больше информации
Секвенирование РНК отдельных клеток может рассказать ученым о многих процессах, которые происходят внутри этих объектов. Но часть важной информации все равно остается утраченной. Дополнительная информация, извлеченная из РНК клеток, могла бы, например, помочь отличить похожие заболевания друг от друга.
Новая технология, разработанная американскими исследователями, основана на методе Seq-Well, который позволяет быстро секвенировать РНК сразу нескольких отдельных клеток. Этот метод, как и другие высокопроизводительные подходы, не позволяет собрать столько же информации об отдельной клетке, сколько позволяют более медленные и дорогие методы секвенирования РНК.
В новой работе исследователи хотели восстановить утраченную в ходе такого производительного секвенирования информацию. Для этого ученые решили модифицировать один из этапов процесса, на котором, предположительно, терялась львиная доля информации. На этом этапе количество молекул комплементарной ДНК увеличивается с помощью полимеразной цепной реакции, чтобы получить достаточное количество копий ДНК для секвенирования.
Чтобы увеличить количество молекул, проходящих через этот этап, ученые добавили к ним вторую последовательность праймеров, чтобы облегчить ПЦР-ферментам копирование этих молекул. Используя этот метод, исследователи показали, что могут получать гораздо больше информации из одной клетки. Биологи наблюдали пятикратное увеличение числа обнаруживаемых генов и десятикратное увеличение числа РНК-транскриптов.
Используя новую методику, исследователи проанализировали 19 биопсий кожи пациентов, представляющих пять различных кожных заболеваний — псориаз, акне, проказу, алопецию (аутоиммунное заболевание, вызывающее выпадение волос) и кольцевую гранулему (хроническое дегенеративное заболевание кожи). Авторы обнаружили некоторое сходство между болезнями: например, сходные популяции выделяющихся при воспалении Т-клеток оказались активными как при проказе, так и при кольцевой гранулеме.
Ученые также обнаружили некоторые особенности, которые были уникальны для конкретного заболевания. В тканях нескольких больных псориазом авторы обнаружили, что клетки, называемые кератиноцитами, экспрессируют гены, которые позволяют им делиться и управлять воспалением, наблюдаемым при этом заболевании.